Перец — довольно нежное растение, его важно удобрять аккуратно и не переборщить. Среди натуральных удобрений популярны крапива, чай, банановая кожура, скорлупа яиц, а также птичий помет и даже йод с дрожжами. Также производители предлагают многочисленные смеси, среди которых особенно популярны «Кемира-люкс», «Кристалон», «Идеал» и другие.
Рассаду перца подкармливают несколько раз, чаще всего в три этапа.